Cemaran pangan adalah bahan yang tidak sengaja ada dan/atau tidak dikehendaki dalam pangan yang berasal dari lingkungan atau sebagai akibat proses di sepanjang rantai pangan, baik berupa cemaran biologis, cemaran kimia, residu obat hewan, dan pestisida maupun benda lain yang dapat mengganggu, merugikan, dan membahayakan kesehatan manusia. Pemenuhan terhadap batas maksimum cemaran merupakan persyaratan keamanan pangan olahan. Hasil pengujian cemaran dibuktikan dengan sertifikat hasil pengujian secara kuantitatif yang dilakukan oleh laboratorium terakreditasi.

Ketentuan mengenai cemaran dalam pangan diatur berdasarkan jenis cemaran :

• Cemaran Logam Berat
• Logam berat adalah elemen kimiawi metalik dan metaloida, memiliki bobot atom dan bobot jenis yang tinggi, yang bersifat racun bagi makhluk hidup. Berdasarkan Peraturan Badan POM No. 5 Tahun 2018 tentang Batas Maksimum Cemaran Logam Berat dalam Pangan Olahan, cemaran yang diatur pada tiap kategori pangan adalah cemaran Arsen (As), Timbal (Pb), Merkuri (Hg), Kadmium (Cd) dan Timah (Sn).
• Cemaran Kimia
• Cemaran kimia adalah cemaran dalam makanan yang berasal dari unsur atau senyawa kimia yang dapat merugikan dan membahayakan kesehatan manusia. Persyaratan mengenai batas maksimal cemaran kimia diatur dalam Peraturan Badan POM No. 8 Tahun 2018 tentang Batas Maksimum Cemaran Kimia dalam Pangan Olahan.
• Cemaran Kimia meliputi :
• Cemaran mikotoksin
• Aflatoksin, deoksinivalenol (DON), okratoksin A (OTA), fumonisin, patulin
• Cemaran dioksin
• Cemaran 3-monokloropropan-1,2-diol (3-MCPD)
• Cemaran polisiklik aromatik hidrokarbon (polycyclicaromatic hydrocarbon/PAH)
• Cemaran Mikroba
• Cemaran mikroba adalah cemaran dalam pangan olahan yang berasal dari mikroba yang dapat merugikan dan membahayakan kesehatan manusia. Persyaratan mengenai batas maksimal cemaran mikroba diatur dalam Peraturan Badan POM No. 13 Tahun 2019 tentang Batas Maksimal Cemaran Mikroba dalam Pangan Olahan.
• Kriteria mikrobiologi digunakan untuk memenuhi persyaratan batas maksimal cemaran mikroba, mengevaluasi lot/batch pangan olahan, dan/atau memverifikasi kinerja sistem pengendalian keamanan pangan di sepanjang rantai pangan.
• Kriteria Mikrobiologi adalah ukuran manajemen risiko yang menunjukkan keberterimaan suatu pangan atau kinerja proses atau sistem keamanan pangan yang merupakan hasil dari pengambilan sampel dan pengujian mikroba, toksin atau metabolitnya atau penanda yang berhubungan dengan patogenisitas atau sifat lainnya pada titik tertentu dalam suatu rantai pangan. Kriteria mikrobiologi meliputi jenis pangan olahan, jenis mikroba/parameter uji mikroba, batas mikroba, rencana sampling, dan metode analisis.
• Persyaratan mengenai batas maksimal cemaran mikroba tidak berlaku untuk Pangan Steril Komersial.